并行与分布式系统中的并行稀疏矩阵-向量乘法(SpMV):基于行划分的并行算法
字数 1341 2025-11-10 14:41:09

并行与分布式系统中的并行稀疏矩阵-向量乘法(SpMV):基于行划分的并行算法

题目描述
稀疏矩阵-向量乘法(SpMV)是科学计算中的核心操作,形式为 \(y = A \times x\),其中 \(A\) 是大型稀疏矩阵(绝大多数元素为0),\(x\)\(y\) 是稠密向量。在并行分布式环境中,矩阵 \(A\) 和向量 \(x, y\) 被划分到多个处理器上。本题要求设计一个基于行划分的并行SpMV算法,实现高效的计算和通信。

解题过程

  1. 问题分析

    • 稀疏矩阵的存储需节省空间,常用压缩存储格式(如CSR)。
    • 并行挑战:每个处理器分配矩阵的一部分行,但计算时需要访问全局向量 \(x\) 的某些元素,可能涉及跨处理器通信。
    • 目标:最小化通信开销,平衡各处理器负载。
  2. 数据划分

    • 行划分策略:将矩阵 \(A\) 按行块划分给 \(P\) 个处理器。例如,处理器 \(P_i\) 获得行块 \(A_i\),并负责计算对应的输出子向量 \(y_i\)
    • 向量分布:输入向量 \(x\) 被复制或划分到各处理器。若 \(x\) 的某个元素被多个处理器需要,需通过通信获取。
  3. 本地计算准备

    • 每个处理器解析本地行块 \(A_i\) 的非零元结构,确定需要从其他处理器获取的 \(x\) 的元素集合(称为"外部依赖")。
    • 例如,若 \(A_i\) 的某非零元位于列 \(j\),且 \(x_j\) 不在本地,则需标记 \(j\) 为需获取的索引。
  4. 通信优化

    • 邻居通信模式:各处理器向拥有所需 \(x\) 元素的处理器发送请求,仅获取必要数据,避免全广播。
    • 数据聚合:将所需索引按目标处理器分组,合并通信消息,减少网络延迟开销。
  5. 计算与通信重叠

    • 异步通信:在等待接收非本地 \(x\) 元素时,先使用本地可用的 \(x\) 元素进行计算,隐藏通信延迟。
    • 步骤:
      a. 启动非本地数据的异步接收请求。
      b. 同步计算依赖本地 \(x\) 元素的部分结果。
      c. 等待通信完成,补充计算剩余部分。
  6. 本地SpMV计算

    • 使用CSR格式高效计算:
      • 数组 val 存储非零元,col_ind 存储列索引,row_ptr 标记行起始位置。
      • 对本地每行 \(k\)

\[ y[k] = \sum_{j=\text{row\_ptr}[k]}^{\text{row\_ptr}[k+1]-1} \text{val}[j] \times x[\text{col\_ind}[j]] \]

  • 若某些 \(x\) 元素非本地,暂存部分和,待数据到位后累加。
  1. 全局同步与结果收集
    • 各处理器完成本地 \(y_i\) 计算后,若结果需全局聚合,则通过规约操作(如MPI_Gather)汇总到根处理器。
    • 若后续计算需分布式 \(y\),可保持分布状态。

关键点

  • 负载均衡:通过矩阵非零元分布优化行划分(如METIS图划分工具)。
  • 通信压缩:仅传输必要的向量元素,索引重排序可提升局部性。
  • 扩展性:算法适用于大规模分布式系统,需结合具体通信库(如MPI)实现。
并行与分布式系统中的并行稀疏矩阵-向量乘法(SpMV):基于行划分的并行算法 题目描述 稀疏矩阵-向量乘法(SpMV)是科学计算中的核心操作,形式为 \( y = A \times x \),其中 \( A \) 是大型稀疏矩阵(绝大多数元素为0),\( x \) 和 \( y \) 是稠密向量。在并行分布式环境中,矩阵 \( A \) 和向量 \( x, y \) 被划分到多个处理器上。本题要求设计一个基于行划分的并行SpMV算法,实现高效的计算和通信。 解题过程 问题分析 稀疏矩阵的存储需节省空间,常用压缩存储格式(如CSR)。 并行挑战:每个处理器分配矩阵的一部分行,但计算时需要访问全局向量 \( x \) 的某些元素,可能涉及跨处理器通信。 目标:最小化通信开销,平衡各处理器负载。 数据划分 行划分策略 :将矩阵 \( A \) 按行块划分给 \( P \) 个处理器。例如,处理器 \( P_ i \) 获得行块 \( A_ i \),并负责计算对应的输出子向量 \( y_ i \)。 向量分布 :输入向量 \( x \) 被复制或划分到各处理器。若 \( x \) 的某个元素被多个处理器需要,需通过通信获取。 本地计算准备 每个处理器解析本地行块 \( A_ i \) 的非零元结构,确定需要从其他处理器获取的 \( x \) 的元素集合(称为"外部依赖")。 例如,若 \( A_ i \) 的某非零元位于列 \( j \),且 \( x_ j \) 不在本地,则需标记 \( j \) 为需获取的索引。 通信优化 邻居通信模式 :各处理器向拥有所需 \( x \) 元素的处理器发送请求,仅获取必要数据,避免全广播。 数据聚合 :将所需索引按目标处理器分组,合并通信消息,减少网络延迟开销。 计算与通信重叠 异步通信:在等待接收非本地 \( x \) 元素时,先使用本地可用的 \( x \) 元素进行计算,隐藏通信延迟。 步骤: a. 启动非本地数据的异步接收请求。 b. 同步计算依赖本地 \( x \) 元素的部分结果。 c. 等待通信完成,补充计算剩余部分。 本地SpMV计算 使用CSR格式高效计算: 数组 val 存储非零元, col_ind 存储列索引, row_ptr 标记行起始位置。 对本地每行 \( k \): \[ y[ k] = \sum_ {j=\text{row\_ptr}[ k]}^{\text{row\_ptr}[ k+1]-1} \text{val}[ j] \times x[ \text{col\_ind}[ j] ] \] 若某些 \( x \) 元素非本地,暂存部分和,待数据到位后累加。 全局同步与结果收集 各处理器完成本地 \( y_ i \) 计算后,若结果需全局聚合,则通过规约操作(如MPI_ Gather)汇总到根处理器。 若后续计算需分布式 \( y \),可保持分布状态。 关键点 负载均衡:通过矩阵非零元分布优化行划分(如METIS图划分工具)。 通信压缩:仅传输必要的向量元素,索引重排序可提升局部性。 扩展性:算法适用于大规模分布式系统,需结合具体通信库(如MPI)实现。